产品质量及售后缺失
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该公司以旗下个人计算机整机产品的整体低廉的价格闻名，但产品的质量及售后一直都是该公司遭人诟病的地方。[21]部分神舟电脑的用户指“神舟电脑质量差，售后服务更差”。[22]人民网举办的“维权万人行”消费电子质量与售后调查活动调查结果显示，神舟电脑在调查中得分仅略高于“攒机”（即自行组装）。[23]
对创始人言行的争议
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神舟创始人吴海军由于言行过于不拘，经常引发争议。
2008年5月汶川大地震过后，网络上流传一张署名“吴海军”的字条，文中直指不捐款的及“虽然捐了点小款，但又心有不甘背后议论废话一堆”的神舟员工“滚蛋”。[24]此消息引发了网络舆论的巨大争议。[25]
吴海军经常用冒犯性的语言宣传自己的产品（2007年8月，吴表示“不买神舟电脑的人就是‘被猪宰了’”；[26]2008年9月25日，吴称“你再不买神舟电脑，我只能说你笨了”。[27]）虽然吴海军总会把自己的语言加以解释清楚，但这种言论经常引发民众的反感。
2010年7月1日下午，神舟电脑2010年暑促发布会在北京香格里拉酒店举行，吴海军在会场上放言：“神舟的返修率是市场上最低的，不是之一。”之后还当众将四台刚刚上市的新品从讲台上抛下，然后验证这些笔记本依然能够正常开机。此举被许多人批评为“做秀”。另外该人还说了诸如“我很欣赏周扒皮”、“最终国内电脑品牌也只有两个——一个是联想一个是神舟”等争议话语。[28]
“显卡门”事件
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2008年夏，世界最大的显示芯片厂商英伟达（NVIDIA）爆发大面积显示芯片质量问题。[29]而此时的神舟回应媒体称旗下使用问题芯片的笔记本电脑“未发现异常”。[30]。但之后的一至两年内，不断有用户向神舟售后部门报修自己显卡出问题的笔记本计算机。而神舟对故障机仅予维修而拒绝更换部件，导致故障无法得到彻底解决，屡修屡坏。并且神舟没有就此显卡事件对受影响用户作任何官方的声明，此事件导致神舟电脑的名誉受到极大影响。[31]
有关“小影霸”商标的纠纷与仿冒事件
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1995年4月，神舟电脑的前身新天下实业代理发行台湾聪泰科技开发的MPG-256电影卡时，为销售方便，在上面贴上“小影霸”标签。而后，经过一系列的公关处理，新天下成功地夺得了当时在双敏电子旗下的香港万通国际发展有限公司手中的“小影霸”商标的使用权，由此双敏电子放弃了“小影霸”的商标所有权。
2003年，市场上突然出现了一个名为“小影霸威驰”的显卡系列，持有者为华天科技。对此新天下声称其为侵权并将付诸法律仲裁。[32]不久仿冒的“小影霸威驰”显卡系列从市场消失。
此后，一个名为“香港小影霸”的品牌悄悄建立，愈演愈烈，该品牌在型号的命名上极其相似神舟旗下的“小影霸”系列，最后因将GeForce 7300GS芯片打磨为GeForce 9500GT芯片出售的行为被媒体曝光。对此目前负责研发“小影霸”的深圳市神舟新锐电脑设备有限公司发表声明[33]：
“
深圳市新天下科技有限公司（现名深圳市神舟新锐电脑设备有限公司）是国内知名的显卡、主板制造商，凭借14年专业的研发、制造经验，一直以来为广大消费者提供着物美价廉的好产品，在业界颇受好评。新天下科技旗下的“小影霸”品牌显卡，在广大消费者中享有美誉。然而目前在市场上发现了许多仿冒小影霸显卡的伪劣假货，这些所谓的“香港小影霸”、“广州小影霸”、“小影霸幻雷者”等假冒显卡完全是粗制滥造的低劣产品，不仅严重扰乱了市场秩序，损害了广大消费者的权益，而且对新天下科技公司信誉度造成严重影响。
”
——深圳市神舟新锐电脑设备有限公司